L'origine della devozione alla Madonna di S. Stefano è legata a una significativa pagina di storia rovatese. Nel 1326 Azzone Visconti aveva assediato il castello di Rovato, ma non potendo avere ragione della resistenza coraggiosa dei terrazzani volle ricorrere all'inganno. I rovatesi gli aprirono le porte, ma Azzone li tradì con il saccheggio, con il fuoco, con il trascinare schiavi centocinquanta giovani e mettere all'obbrobrio le ragazze del paese.
Narra la tradizione che in quei momenti la Madonna della chiesa parrocchiale di S. Stefano volesse dimostrare la sua protezione su Rovato, operando molti prodigi fra i quali l'improvvisa e misteriosa liberazione dei prigionieri, la protezione delle fanciulle, il condono di una pesantissima multa imposta da Azzone e il ritorno alla pace e alla tranquillità. Grati alla Vergine, i rovatesi vollero porre la sua immagine in tutte le chiese della loro terra.
Un atto segnalatissimo della protezione della Madonna su Rovato si ebbe ancora nel 1509, quando la grossa borgata fu sottoposta a grave vessazione da parte dei francesi occupanti, danneggiamento che s'accrebbe quando il prevosto e i canonici osarono ricorrere al comando del presidio francese, alloggiato nella casa ora Quistini, per chiedere pietà per Rovato.
Fu allora che, il 9 agosto, il nobile Lorenzo Gigli, primo console di Rovato, raccolse nella chiesa di S. Stefano un gruppo di giovani e fece giuramento di scacciare lo straniero o morire. Come nei Vespri siciliani, la scintilla della riscossa fu data dall'affronto fatto da alcuni soldati a una fanciulla, promessa sposa al Gigli stesso. I rivoltosi, con la protezione della Madonna, e con l'aiuto compatto degli abitanti del paese, riuscirono a liberare Rovato dagli occupanti. In memoria di tale episodio, fino al 1940 tutte le notti, alle 22.00, dalla campana maggiore della parrocchiale venivano battuti 60 colpi a martello.
La chiesa di S. Stefano fu méta preferita della devozione popolare mariana locale.
Lo storico rovatese can. Racheli scrisse che: “La chiesa di S. Stefano, antica parrocchiale, subì moltissime vicissitudini, ampliata tre volte senza un preciso disegno, più volte venne dipinta da classiche mani e più volte, dalla rozza calce sovrappostavi, furono quelle pitture cancellate. Ma restano visibili alcune, massime in coro, sufficienti per fare conoscere un pennello valente”.
Gli affreschi dell'abside, già attribuiti al Moretto, sono in realtà di un ignoto maestro della fine del XV secolo. L'immagine della Madonna di S. Stefano è forse della stessa mano che ha dipinto la chiesa di S. Michele. La Madonna siede ieratica in trono con il Bambino divino sopra un ginocchio mentre sull'altro tiene la mano che regge un fiore.
La chiesa ebbe visitatori illustri. Davanti alla Madonna di S. Stefano, S. Carlo Borromeo consacrò sacerdote il cugino Federico, che gli sarebbe succeduto come arcivescovo di Milano. La Madonna di S. Stefano annoverò tra i suoi devoti anche letterati e storici quali Cesare Cantù - che a Rovato possedeva una villa - e Silvio Pellico, amico e ospite del patriota Tonelli di Coccaglio, che fu suo compagno di sventura allo Spielberg.
Testimone per secoli delle gioie e dei dolori della popolazione rovatese, questa chiesa, come documenta il sepolcro degli appestati che sta al suo interno, vide in tutta la sua crudeltà la tragedia della peste del 1630 - 1631. É credenza diffusa che la Madonna di S.Stefano non solo abbia protetto nei momenti difficili dei secoli passati il paese di Rovato, ma anche i rovatesi lontani, chiamati alle armi e travolti dalla tragedia delle guerre di questo nostro secolo.
(fonte ADL Atlante Demologico Lombardo)